Vďaka sekvenovaniu možno preskúmať celú genetickú informáciu koronavírusu
Sekvenovanie vzoriek pozitívnych na nový koronavírus umožní preskúmať celú genetickú informáciu a sledovať, ako sa vírus mení v priebehu času.
Bratislava 26. marca (TASR) - Sekvenovanie vzoriek pozitívnych na nový koronavírus umožní preskúmať celú genetickú informáciu a sledovať, ako sa vírus mení v priebehu času. „Vďaka informáciám o genóme a o tom, odkiaľ izoláty pochádzajú, vieme zistiť aj to, ako vírusy cestujú a ktoré sú najúspešnejšie v boji o hostiteľa," uviedla Anna Gičová, laboratórna diagnostička a molekulárna biologička na Úrade verejného zdravotníctva (ÚVZ) SR, ktorý začal so sekvenovaním vzoriek.
Sekvenovanie je čítanie genetickej informácie uloženej v nukleovej kyseline – či už DNA, alebo v prípade koronavírusu RNA – písmenko po písmenku. Sekvenovaním sa teda možno „pozrieť" na celý genóm vírusu a sledovať na ňom výskyt všetkých mutácií.
Zmena genetickej informácie
Mutácia vírusu znamená, že sa mení jeho genetická informácia. Zmena v zápise genetickej informácie môže byť na prvý pohľad malá - niektoré „písmenko“ (nukleotid) vypadne alebo sa vymení za iné, môže to však podstatne ovplyvniť správanie vírusu.
„Sekvenátor nám teda umožňuje čítanie celého genómu koronavírusu – molekuly, ktorá má približne 30 000 nukleotidov,“ priblížila Gičová. Sekvenácia je v porovnaní s RT-PCR metódou náročnejší proces po všetkých jeho stránkach – časovo, technicky, personálne a aj finančne.
Sekvenácia trvá niekoľko dní
Kým PCR vyšetrenie dokážu odborníci pripraviť a vyhodnotiť v priebehu pár hodín, sekvenácia so všetkými nevyhnutnými prípravami trvá aj niekoľko dní. Oproti súčasnému prieskumu výskytu variantov SARS-CoV-2 pomocou PCR testovania má sekvenovanie výhodu v tom, že nie je potrebné sa presne zamerať na konkrétnu mutáciu.
„Sekvenovaním sa ‚pozeráme‘ na celý genóm vírusu, takže sledujeme výskyt všetkých mutácií, aj známych aj neznámych. Už teraz nám výsledky poukazujú na kolobeh nových mutácií, ktorých význam však ešte nevieme posúdiť. Tieto dáta sa ukladajú, takže sa na ne budeme môcť pozrieť, aj keď bude potrebné ich prípadné spätné dohľadávanie,“ uviedla Gičová.
Nie každá vzorka je vhodná
Nie každá vzorka je však vhodná na sekvenovanie, musí totiž obsahovať dostatočné množstvo vírusu. Na účely sekvenácie je tiež potrebné najskôr pomocou špeciálneho enzýmu „prepísať“ RNA vírus na DNA. Z tejto DNA sa v laboratóriu pripraví špeciálnym postupom tzv. genomická knižnica, ktorá obsahuje rôzne dlhé unikátne značené úseky DNA.
„Takto pripravená knižnica sa vloží do prístroja (sekvenátora), ktorý ju niekoľkotisíckrát prečíta a vznikne tak obrovské množstvo dát. Tieto dáta sa následne porovnávajú s genetickou informáciou pôvodného vírusu, čo nám umožňuje sledovať zmeny - mutácie,“ priblížila Gičová.
Množstvo získaných dát musia ďalej spracovať bioinformatici, ktorí vyselektujú užitočné dáta patriace vírusu. Z nich dokážu vyskladať genóm vírusu v danej vzorke. „V tomto spolupracujeme s tímom doktora Tomáša Szemesa, ktorý vedie Centrum genomiky a bioinformatiky vo Vedeckom parku Univerzity Komenského v Bratislave,“ zhrnula Gičová.
