Falošnou pornofotkou zničili jej kariéru aj život. Zadosťučinenie pre Martu Kubišovú priniesol až pád režimu
Marta Kubišová oslavuje 81. narodeniny.
Po roku 2000 vyšla v marci 2004 výberovka Příběh/To nejlepší, v apríli 2005 album Vítej lásko, v septembri 2008 vyšlo DVD s názvom Příběh a v máji 2010 trojkompilácia s názvom Vyznání z edície Zlatá kolekce. V októbri 2012 vydal Supraphon kompiláciu 6CD Marta Kubišová Zlatá šedesátá.
Vyznamenanie aj od Kisku
V júli 2014 mal premiéru dokumentárny film Magický hlas rebelky, ktorý o životnej dráhe speváčky nakrútila režisérka Olga Sommerová. Pod týmto názvom vydal Supraphon aj soundtrack z filmu. V októbri 2016 vydala nový štúdiový album s názvom Soul a v septembri 2017 vyšiel v reedícii jej debutový album Songy a balady, premiérovo vydaný v roku 1969.
V deň 75. narodenín, 1. novembra 2017, odspievala v rodných Českých Budějoviciach posledný koncert svojho rozlúčkového turné s názvom Marta - Naposledy. V novembri 2019 vyšlo CD a LP Depeše/výběr písní 1965 – 2019. V októbri 2022 vyšiel album Adventní písně a koledy.
Prezident Andrej Kiska udelil 1. januára 2018 Marte Kubišovej Rad Bieleho dvojkríža II. triedy. V júni 2022 dostala od pražského primátora medailu Čestný občan Prahy.
Pri príležitosti svojich 80. narodenín sa Marta Kubišová, jedna z ikon českej populárnej hudby, vrátila na pódiá, keď v rámci programu Noc s legendou rozpráva po boku moderátora svoj životný príbeh.
